L'histoire de FullMetal Alchemist prends place dans des temps reculés.
Les personnages principaux, Edward Elric et Alphonse Elric, sont deux frères, vivant paisiblement avec leur mère. Mais ce ne sont pas des enfant ordinaires; en effet, il pratiquent l'alchimie : l'art de transformer des objets en un autre de masse équivalente.
Un triste jour, leur mère meurt, de tristesse semblerait-il : elle attendait désespérément le retour de son mari.
Alors respectivement agés de 11 et 10 ans, Edward et Alphonse vont essayer de faire revivre leur mère grâce à leur connaissances en alchimie. Malheureusement, la transmutation tourne au cauchemar, Edward perd son bras droit et sa jambe gauche, alors que Alphonse perd son corps entier.
FullMetal Alchemist raconte l'histoire de ces deux frères, à l'âge de 15 et 14 ans, parcourant le monde à la recherche de la Pierre Philosophale...